（1）建立了系统化的水稻种质资源遗传多样性保护技术。从研究水稻种质资源核心种质入手，提出并验证了核心种质分层构建指标，构建核心种质并用于资源引进与保护中；根据有利性状地理分布和等位酶、SSR多样性的时空变化特点，明确重点引进地区与目标，收集引进水稻资源75 106份；通过比较异质种质SSR位点的动态变化，提出150个单株的适宜繁殖群体和等穗法的收获方式，建立繁殖更新程序，保证水稻种质的遗传完整性，从而形成系统化的多样性保护技术。
　　（2）建立了标准化的水稻种质资源测试技术。在杭州市、海南省、贵阳市、南京市进行多年多点鉴定评价，研究不同性状表达程度的分布和变异特征，分析形态性状与分子性状间的相关性，确定水稻种质资源性状分级范围，合作制订国家标准和种质资源描述规范，填补了国内水稻新品种特异性、一致性和稳定性测试标准的空白；鉴定评价2.5万余份水稻种质，新增资源信息86万余条，完善了国家资源数据库。
　　（3）发掘了一些重要的新基因、新资源。多点多菌株多种接种方法，发掘纹枯病抗源1份，并定位了4个纹枯病抗性QTLs；通过标准化的鉴定评价，获得一批抗性、氮磷高效利用资源，定位了11个耐旱性、7个氮高效和2个褐飞虱抗性QTLs；创制野栽新种质，创新种质获品种权1项，发掘出19个优异亲本资源并成功应用于育种实践中，其中密阳83等10个种质已成为核心亲本发挥了重要作用。
　　（4）建立水稻资源共享平台，社会经济效益显着。向全国水稻研究单位免费提供标准化的资源评价数据和针对性的种质实物35 463份次。利用这些具详尽评价数据的种质材料，引种单位在Nature发表论文1篇、Nature Genetics发表论文4篇，育成品种37个，累计推广应用6 274万亩、农民增收25.1亿元。