首次在国内分离鉴定了具有抗原性变异的H5N1亚型高致病性禽流感病毒—山西鸡型病毒，并通过疫情诊断和流行病学调查明确了该类变异株病毒在我国家禽中的地域分布。2006年2月，从山西一养鸡场发生H5N1亚型高致病性禽流感，该起疫情特点是免疫抗体水平较好的种鸡群发病死亡。病原分离鉴定得到一株H5N1亚型高致病性禽流感病毒A/chicken/Shanxi/2/2006(H5N1) (CK/SX/06(H5N1))，对该分离株的基因组序列测定、遗传进化及抗原性分析，发现该毒株的8个基因片段与我国曾发现的H5N1亚型禽流感病毒，包括南方水禽型、青海野鸟型及新疆鸡型病毒均具有明显的差异，属于一新基因型，将其命名为“山西鸡型”禽流感病毒。更为重要的是，该“山西鸡型”病毒具有较大的抗原变异性，当时我国广泛使用的A/goose/Guangdong/1/96(H5N1) (GS/GD/96（H5N1）)病毒衍生的疫苗（H5N1，Re-1株）对其只能提供80％的免疫保护性。随后的疫情诊断及流行病学调查发现，该“山西鸡型”病毒广泛流行于山西、宁夏等省的免疫鸡群，引起产蛋率大幅下降及高达30％的死亡率。
　　自主研制了针对该“山西鸡型”变异株的基因重组灭活疫苗（H5N1，Re-4株），疫苗在受H5N1高致病性禽流感病毒变异株威胁地区大量推广。应用本实验室成熟的流感病毒反向遗传操作技术（RGS），以CK/SX/06(H5N1)病毒为HA基因供体，研制了具有自主知识产权的基因重组禽流感疫苗株，制备了针对“山西鸡型”变异株的油乳剂灭活疫苗，对该疫苗的安全性、最小免疫剂量、免疫效力、免疫持效期及保存期等进行了系统研究。于2006年8月获得了农业部紧急生产批准文号，即投入生产，应用于“山西鸡型”变异株的流行地区及受威胁地区，使该变异株疫情得到了有效控制。该变异株疫苗（H5N1，Re-4株）目前已转让给多家动物生物制品生产厂家。自2006年以来，该变异株重组疫苗已累计推广使用约60亿羽份，累计销售额约6亿元人民币，为我国禽流感的防控及养禽业作出了卓越贡献，创造了巨大的经济和社会效益。