(1) 完成了5种动物重大传染病病原8个病毒株的全基因组序列测定和分子特征分析；测定的基因总长度为90kb，并且绝大多数已登录GenBank,少数正在登录，现已获得7个登录号，其中TGEV和PEDV全序列属我国首次登录，填补了我国在GenBank中的空白。
　　(2) 获得了不同病原的6种免疫效果良好的免疫基因，并初步建立了家蚕杆状病毒和腺病毒2种高效表达体系的技术平台。其中Asia I型FMDV空衣壳抗原的表达量获得了突破性进展。目前国内外利用基因工程方法表达的FMDV抗原量均低于传统方法生产的抗原量，但本项目表达的抗原量达到常规细胞培养的病毒抗原量的100—300倍。另外，现阶段国内外FMDV基因工程疫苗的免疫效力均低于传统疫苗，即使是传统方法生产的FMDV抗原，也需要8—10倍浓缩后免疫动物才能达到国际标准，即PD50 (半量保护率）达到3.0以上。但本课题表达的空衣壳抗原，经30—35倍稀释试制疫苗2批，免疫目标动物牛，4周后用10000ID50强毒舌面穿刺攻击（国际标准），PD50分 别达6.30和3.60。此项技术居世界领先水平，为全球研究成功的第一个动物病毒性疫病空衣壳基因工程疫苗解决了关键性技术难点。
　　(3) 本课题组于国内外首先提出具有基因治疗和基因免疫功效的双效疫苗的理念和技术路线，现已成功构建了O型FMDV及狂犬病病毒双效表达载体，并成功转染了敏感细胞，并经实验结果证实了双效疫苗理念的可行性。