项目针对抗病鉴定中存在的病原菌生理型分布等相关理论基础不清楚，接种和抗病性评价等关键技术不科学，没有科学、准确、规范的国家标准等问题开展如下几方面研究和创新：首先采用国际通用鉴别寄主鉴定我国三大棉区144个枯萎病菌株的生理小种，明确7号小种致病力最强、分布最广，为我国的优势小种，确定抗枯萎病鉴定以7号小种为标准；明确新疆棉区的黄萎病菌株与内地菌株在遗传上差异明显，属于不同的SSR类群；落叶型黄萎病在我国三大棉区均有出现，我国的棉花黄萎病菌存在强、中、弱3种致病力类型，中等致病力类型菌株为优势类型；黄河流域棉区和长江流域棉区的菌株致病力水平较高，新疆棉区的菌株致病力水平较低，确定抗黄萎病鉴定选用中等偏强致病力菌株为标准，筛选确定出适合我国三大棉区抗黄萎病鉴定的标准菌株33个，建立了用于抗病性鉴定的标准菌株资源库及其生物学性状、致病力、SSR指纹图谱等信息档案，为抗病鉴定技术体系的建立奠定了基础。创新了以“相对病情指数”为统一“度量衡”的评价技术，解决了不同生态条件下鉴定结果无法校正、可比性差的重大难题。研制出种沟接种、土壤拌菌和无底纸钵蘸根接种3套人工接种技术。创新完善了枯萎病苗床病圃法、纸钵土壤接菌盆栽法，黄萎病无底纸钵定量蘸菌液法、人工病圃法。其中，纸钵土壤接菌盆栽法和人工病圃法已形成国家标准。“蛭石沙土无底纸钵定量蘸菌液法” 获得国家发明专利，使黄萎病鉴定周期由原来的140天缩短到45天左右，一年可进行多批鉴定，为大批量棉花材料的抗病性鉴定提供了技术保障。形成了规范化、标准化的抗病鉴定技术体系。项目期间，为国家和省级棉花品种区域试验2722个品种（系）进行抗病性把关鉴定，鉴定出333个抗（耐）品种通过国家或省级审定，累计推广2.8亿亩，近3年增加经济效益26.9亿元。还为国家科研项目、育种单位提供的3819份材料进行了抗病性鉴定，覆盖棉花相关科研项目的70％，全国育种单位的85％。上述工作为我国棉花枯、黄萎病的控制起到了良好的支撑作用，使这两种“癌症”病害的从猖獗危害到有效控制，取得了良好的经济和社会生态效益。