本项研究构建了耐盐苜蓿的抑制差减cDNA文库，获得了一批耐盐相关ESTs与具有重要功能基因的cDNA全长序列，并进行了初步功能验证；获得了与苜蓿耐盐性有较大相关性的分子遗传标记；估算了耐盐苜蓿群体的遗传力等参数。以耐盐苜蓿品种中苜1号为亲本材料，采用常规育种与分子标记辅助育种相结合的方法，通过盐碱地表型选择、耐盐性一般配合力测定、轮回选择、混合选择，得到耐盐苜蓿新品种中苜3号。鉴定专家一致认为该品种“居国内同类研究的领先水平”。中苜3号苜蓿不仅适应于黄淮海地区大面积盐碱地及中低产田，在西部内陆盐碱地种植表现也非常好。草产品生产田已达24万多亩，种子田1.2万亩。直接经济效益3.26亿元，新增效益4 000多万元。
　　该成果推进了关于苜蓿耐盐遗传育种的理论与实践进程，填补了我国黄淮海地区长期以来缺乏耐盐高产苜蓿新品种的空白，推动了我国苜蓿产业的发展。同时还能为盐碱地农业生产提供有效的技术措施，提高盐碱地的开发利用效率。