由中国园艺学会果树专业委员会主办、南京农业大学园艺学院和江苏省农业科学院园艺研究所共同承办的“第二届全国果树分子生物学学术研讨会”于2009年5月24日至5月26日在江苏省南京市召开。来自全国19个省（市、自治区）的21所高等院校、21个科研单位的领导、专家、论文代表、博、硕士研究生等200余位代表参加了本次大会。荷兰莱顿大学J. Memelink教授、美国田纳西大学程宗明教授、西北农林科技大学王跃进教授等3位特邀专家亲临大会，为大会作了精彩的专题报告，特邀专家华中农业大学邓秀新院士、美国康乃狄克大学李义教授和中国农业大学韩振海教授分别委托郭文武教授、程宗明教授和肖海华博士也做了大会专题报告。会议共收来自全国54个科研机构提交的论文97篇，计有40位代表就果树分子生物学的相关研究进展进行了广泛交流。
　　会议由果树研究所所长、中国园艺学会果树专业委员会主任刘凤之研究员主持。会上，作为这次会议的主办方由衷地感谢承办方为此次会议的隆重召开付出的积极努力。同时也向参加会议的专家、学者、学生表示热烈的欢迎。
　　这次会议是2007年10月在农业科学果树研究所召开首届会议的延续，通过这次会议再次总结了当前果树分子生物学最新的研究进展和研究动态，提供了新的交流平台。我国果树分子生物学研究虽起步较晚，但近两年来发展很快，在某些研究领域取得了一系列重要的研究进展。同时，大会也分析了当前我国果树分子生物学研究的现状，研讨了当前我国果树分子生物学研究存在的问题，并就如何提高我国果树分子生物学研究总体水平提出了建议
　　会议经过表决决定，第三届全国果树分子生物学学术研讨会计划于2011年在海南省海口市举办，由中国热带农业科学院热带生物技术研究所承办。