根据农业部(97)质监复函004号文件，农业科学蔬菜花卉研究所承担筹建农业部蔬菜品质监督检验测试中心（北京）的任务，1999年1月28日首次通过农业部机构认可和国家质量监督检验检疫总局计量认证，2004年5月13日通过农业部机构认可和国家质量监督检验检疫总局计量认证五年复验，2003年成为中国绿色食品发展中心授权的《绿色食品蔬菜质量定点监测中心》和农业部农产品质量安全中心授权的《无公害农产品定点检测机构》，2009年6月25日至27日通过认监委和农业部对中心进行了“二加一”评审。
　　质检中心现拥有1330平方米实验场所，主要配备有国内外先进测试仪器设备50余台（件），拥有液相色谱串联质谱仪、高压液相色谱仪、离子色谱仪、氨基酸分析仪、气相色谱仪、气质联用仪、等离子发射光谱仪、等离子发射光谱质谱仪、原子吸收分光光度计、原子荧光光度计、紫外／可见光分光光度计、全自动定氮仪、全自动脂肪 、全自动纤维素测定仪等，另外配备有一批精良辅助设备，如电子天平、植物磨、土壤磨、旋转蒸发仪等。
　　质检中心下设中心办公室和检测室。质检中心现有人员18人，其中高级职称7人，中级职称6人。所学专业包括有蔬菜、分析化学、农化、植保、生化、计算机等。
　　中心承检产品范围包括新鲜蔬菜、新鲜水果、食用菌、蔬菜制品、水果制品、茶、土壤和肥料等，承检参数涉及营养物质、理化指标、农药残留、有害物质、微生物、添加物质、蔬菜病害鉴定等。
　　中心成立以来，承担了国家质量监督检验检疫总局委托的全国蔬菜农药残留国家抽检任务，农业部“无公害食品行动计划”试点城市蔬菜农药残留例行监测任务和全国省会城市及计划单列市蔬菜农药残留例行监测结果的汇总、分析工作。组织和参与制定农业行业标准56个，完成科技部、农业部和国务院经济发展中心课题九项。为科研和社会提供了大量的检测数据，并为各地检测机构培养了大批检测人员。